В гимназии сохранилась книга приказов за 1941 год, в которой наша школа имеет №44. В этой книге приказов описан микрорайон, совпадающий с местом нахождения бывшей железнодорожной школы №4. Следовательно, жизнь нам дала в далёком 1929 году железнодорожная школа №4. Она находилась в деревянном здании, которое сохранилось и сейчас (переулок Барнаульский №5).

Номер 55 школа приобрела в 1943 году приказом по Новосибирской железной дороге. В 1951 году начальная школа №55 становится неполной средней школой№55. В ней появляются два 5-х, один 6-ой и два 7-х класса. Кадры приходят из железнодорожного техникума и других школ.

Вся методическая работа, курсы, заочное обучение, конференции, совещания, контроль и руководство осуществлялись через ДорПедкабинет, который находился в Новосибирске. Отдел кадров тоже был там. Поэтому в книге приказов очень много распоряжений руководства школы, связанных с командировками в Новосибирск, где находилось управление Томской железной дороги и ОУЗ (отдел учебных заведений).

С 1961 года школа №55 стала относиться к Томскому Гороно и получила статус восьмилетней школы. В 1974 году школа получила новое здание и стала средней.  

В 1992 году средняя общеобразовательная школа №55 была переименована в «Русский лицей №55», а в 2001 году был получен статус гимназии.

С 1 августа 2016 года гимназия носит имя бывшего директора школы №55 Народного учителя СССР Вёрсткиной Екатерины Гавриловны